Durch Grabfunde kann die Geschichte von Asama-onsen bis vor ca. 1000 Jahre zurückverfolgt werden. Aufgrund der Grabfunde wurde erkannt, dass dieses Gebiet damals Einwanderern von z. B. der koreanischen Halbinsel als Zuflucht diente, die sich sehr wahrscheinlich bereits 500 u. Z. hier niederließen.
Als Thermalbadort wurde es erst in der Edo-Zeit berühmt, als hier der Schlossherr von Matsumoto sein Privat-Thermalbad errichten lies, das sehr schnell zum Geheimtipp unter der feudalen Oberschicht wurde. Als hier nach und nach auch andere Samurai ihr Häuschen errichteten, wurde es schnell zum Rückzugsplatz von Matsumoto, weswegen es auch gerne als „Hinterzimmer von Matsumoto“ bezeichnet wird.
Seit der Meiji-Ära ist Asama-onsen ein beliebter Treffpunkt von Dichtern, Malern, Kalligraphen und anderen Künstlern.
Wenn Sie in der Zeit ein wenig eng bemessen sind, aber trotzdem einmal dieses historische Thermalbad erleben möchten, dann können Sie es ebenfalls als Tagestourist (ohne Übernachtung) nutzen.